По концентрацији и разноврсности пећинског накита Ваганска пећина је један од најзначајнијих подземних објеката Републике Српске. Смјештена је у сјевереоисточном дијелу планине Виторог, у селу Стројице, у близини магистралног пута Шипово-Купрес. Од Шипова је удаљена 15 километара.

У морфолошком смислу издвајају се сљедеће подцјелине: улаз, главни канал (у оквиру кога се налазе дворана Симеле Шолаје, Свечана дворана, дворана Дивова, Понорски канал, Кунин пролаз и дворана Раде Маријанца), први лијеви канал (Лисичји канал), други лијеви канали (Јањски канали). У скплопу овог пећинског система налазе се и Лисичја пећина и јама на Коси. Пећински накит је представљен сталагмитита, сталактитима, масивним облицима пећинских стубова, салива.

Пећина је станиште неколико ријетких врста слијепих мишева: Barbastella barbastellus, Myotis bechsteinii, Myotis emarginatus и Rhinolppus ferrumequinum.

Ваганска пећина је под заштитом од 1970. године (Рјешење Земаљског завода за заштиту споменика културе и природних ријеткости БиХ)  а на основу правилника о категоризацији предлаже се сврставање у природна добра од изузетног значаја, односно природна добра I категорије.